9 参考
生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需要修改,结果可以出来,却把握不住对还是错。
学习生信从来就不是一个简单的事,需要做好持久战的心理准备。
在学习时,我们都希望由浅入深的逐步深入,不断地练习和实践,这就是为什么我们需要一本书,因为书很系统。但生信发展的历史短于计算机编程的历史,如果想要一门程序设计的入门数据,每种语言都可以找到几本。但想要一个囊括生信的书,就有些难了。本身生信跨领域,需要多学科的知识,而其内部又有不少分子,都囊括了太大,包括的少又有些隔靴搔痒的感觉。
我们当时都是零基础下自学Linux, 自学Python,自学R,自学高通量测序;这些学习经历,之前都零星地记录在博客里。现在回头去看几年前自己记录的东西,觉得好简单,而当时却费了很大的力气。这些零星的随手记,当时也只是为了自己看,到现在确实只有自己能看得懂,不便惠及更多的人。
因此我们创建了生信宝典,希望从不同的角度传播知识。这个不同有三点含义,一是形式上的不同,摒弃之前主编们单人作战想写啥就写啥,而是有组织有计划的内容聚合,提供一系列的教程,由入门到提高。二是内容的不同,不去用网上现有教程的通用数据做例子,而是拿实际生物数据,讲述如何解释生信中普遍碰到的问题,讲述如何处理自己的数据。三是立足点不同。在写作时,我们回到了当年,在回忆中用整个阶段的学习去指导当初的那个小白,从那些会了的人觉得微不足道而不会的人又迈不过的坎入手,直击痛点。知识点的收录依据不是是否炫酷,是否难,而是是否必要。如果必要,再简单,也要提及;如果不必要,再炫酷,也暂不纳入。
通过大量的生信例子、关键的注释和浓缩的语句形成下面的一系列学习教程。每一篇内容都不多,可以当做小说阅读,也可以跟着去练,反复几遍,每读一次都会有不同的收获和体会。
征稿:诚邀广大同行分享学习经验、心得体会、成果文章解读,即有利于交流和宣传,又提高自身的影响和文章的引用推广;欢迎本领域科研院所和高校的团队在本平台免费发布招聘广告。(诚招培训招生主管、招生助理、公众号编辑)
生物信息学包含生物数据分析、数据可视化、重复工作程序化,是生物、医学科研必备的技能之一。生信宝典精心组织生信学习系列教程、生信工具精品教程,通过大量的生信例子、关键的注释、浓缩的语句和录制的视频帮助快速掌握生信知识。
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注:下面为往期文章目录集合,所有蓝字均为文章链接,点击阅读原文
9.1 教程合集
- 生信宝典-Linux教程.pdf (微信公众号后台回复 生信宝典福利第一波)
- 生信宝典Py3_course.pdf
- 生信宝典-R学习教程.pdf
9.2 加拿大生信课程
- 国外生信教程免费领 加拿大生信开源学习资源Bioinformatics.ca
- Bioinformatics_for_Cancer_Genomics
- Informatics_on_High-Throughput_Sequencing_Data
- Informatics_for_RNA-Seq_Analysis
- Analysis_of_Metagenomic_Data
- Informatics_and_Statistics_for_Metabolomics
- Bioinformatics_of_Genomic_Medicine
- Epigenomic_Data_Analysis
- Pathway_and_Network_Analysis_of_omics_Data
- Infectious_Disease_Genomic_Epidemiology
9.3 Illumina测序应用手册
9.4 系列教程
- 画图手册 | ImageGP:今天你“plot”了吗?
- 知乎阅读三百万的生信学习指南
- 当我们谈论生信的时候我们在谈什么
- 生物信息之程序学习
- 关于编程学习的一些思考
- 该如何自学入门生物信息学
- 生信宝典视频教程
- 转录组分析的正确姿势
- 收藏 你想要的生信学习系列教程-宝典在手,生信无忧
- 生信的系列书籍
- 文章用图的修改和排版 (1)
- 文章用图的修改和排版 (2)
- 简单强大的在线绘图
- 简单强大的在线绘图-升级版
- 简单强大的在线绘图-第3版
- 论文图表基本规范
- 学术图表的基本配色方法
- 数据可视化基本套路总结
- 英语写作常见错误总结和学习视频
- 教育部推出首批490门“国家精品在线开放课程”
- 你该知道的杂志分区和影响因子及最新表格下载
- 你和PPT高手之间,就只差一个iSlide
- 推荐 3 个超赞的 EXCEL 插件,让你 5 分钟从小白变大神
- 史上最全的图表色彩运用原理
- 生信宝典一周年福利第一波 - 电子书赠送
- 测序发展史:150年的风雨历程
- 一文看全!史上以来的59家测序仪公司
- 生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得
- 别再让投稿信耽误你发稿啦!(附cover letter模板)
- 生物信息学数据库分类概览 (第一版)
- 跟Cell editor学做scientific presentation (25个判断标准,18个不能做,8个建议)
- 一文掌握GSEA,超详细教程
- 看人家的导师,不需要做实验,居然发表了27篇Cell,Cancer Cell,Immunity等高水平文章
- Web of stories - 听大师讲故事
- 这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次
- 什么,你算出的P-value看上去像齐天大圣变的庙?
- 从一段挖矿病毒代码看Linux命令的实际应用
- Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这
- 机器学习爱好者必读的入门指南
- 14岁的男孩说想学生信,应该给予哪些指导?
- RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq,你想知道的都在这(续)
- 有了这些,文件批量重命名还需要求助其它工具吗?
- 只需一行代码,完美呈现Markdown格式,写作展示两不误
9.5 蛋白质组学研究
9.6 转录组研究
- 39个转录组分析工具,120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版)
- 39个转录组分析工具,120种组合评估(转录组分析工具大比拼 (完整翻译版))
- 无参转录组分析工具评估和流程展示
- 120分的转录组试题(第一份答案)
- 120分的转录组试题(第二份答案)
- 120分的转录组试题(第三份答案)
- DESeq2差异基因分析和批次效应移除
- 美女教授带你从统计学视角看转录组分析
- 整合QC质控结果的利器——MultiQC
- 自从用了这个神器,大规模RNA-seq数据挖掘我也可以
- NGS基础 - FASTQ格式解释和质量评估
- NGS基础 - 高通量测序原理
- NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件
- NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换
- NGS基础 - 测序原始数据下载
- 耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办?
- Illumina测序仪比较和各种测序应用模式图,助力了解高通量测序
- 生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式你都知道吗?
- 本地安装UCSC基因组浏览器
- 测序数据可视化 (一)
- IGV基因组浏览器可视化高通量测序数据
- 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 1
- 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 2
- 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 3
- 测序文章数据上传找哪里
- GO、GSEA富集分析一网打进
- GSEA富集分析 - 界面操作
- 无需写代码的高颜值富集分析神器
- 去东方,最好用的在线GO富集分析工具
- 没钱买KEGG怎么办?REACTOME开源通路更强大
- 超简便的国产lncRNA预测工具LGC
- 我想做信号通路分析,但我就是不想学编程
- 一个逆天的small RNA-seq数据挖掘神器
- 一文掌握GSEA,超详细教程
- 这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次
- 什么,你算出的P-value看上去像齐天大圣变的庙?
- 单基因GSEA怎么做?
- 赠你一只金色的眼 - 富集分析和表达数据可视化
- NCB|心咽发育多样化的单细胞转录轨迹分析
- 用了这么多年的PCA可视化竟然是错的!!!
- 如何火眼金睛鉴定那些单细胞转录组中的混杂因素
- Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这
- RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq,你想知道的都在这(续)
- Pathview包:整合表达谱数据可视化KEGG通路
- 遗传所屠强研究组开发Decode-seq方法显著提高差异表达基因分析的准确性
- 转录组测序多少生物重复合适?2个?3个?48个?
9.7 单细胞系列教程
9.7.1 经典综述
9.7.2 文章解读
- Science: 小鼠肾脏单细胞转录组+突变分析揭示肾病潜在的细胞靶标
- Science:通过单细胞转录组测序揭示玉米减数分裂进程 | 很好的单细胞分析案例
- Nature 首次对阿尔茨海默病进行单细胞转录组分析|详细解读
- Cell 深度 一套普遍适用于各类单细胞测序数据集的锚定整合方案
- 骨髓基质在正常和白血病个体中的细胞图谱 Cell,Nature联袂解析
- 癌中之王:基质微环境塑造胰腺癌瘤内结构|Cell
- Nature系列 整合单细胞转录组学和质谱流式确定类风湿性关节炎滑膜组织中的炎症细胞状态 详细解读
- Cell | 北大张泽民课题组与合作者揭示肝癌免疫微环境的动态特征
- MC | 汤富酬课题组发表综述系统总结人类生殖系细胞发育的分子机制研究
- Plos Biology | 汤富酬课题组与乔杰课题组合作绘制人类视网膜高精度发育细胞图谱
- Cell子刊 | 植物单细胞转录组综述·植物功能基因组学的高分辨率研究方法
- Cell子刊 | 肠内分泌细胞单细胞测序分析(附资源库传送门)
- 教你如何定义新亚群 | 在单细胞水平上解析人肝硬化的纤维化微环境
- Cell stem cell | 周斌研究组利用10xgenomics测序和谱系示踪技术合作发现血管平滑肌干细胞参与动脉修复
- 风湿病年鉴 | scRNA-seq研究揭示骨关节炎患者的半月板退变新机制
- 2019文献汇总 | 单细胞与病毒感染
- 2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献
- 植物单细胞转录组的春天来了,还不上车?Science, PC, PP, MP, bioRxiv各一个
- 跨物种单细胞分析发现胰腺导管癌中一类有免疫原性的抗原呈递成纤维细胞
- NCB|心咽发育多样化的单细胞转录轨迹分析
- Cell 单细胞文章 | 白凡课题组与合作团队揭示儿童结肠炎及炎症性肠病的致病机制及治疗方法
- Nature | 心脏发生的单细胞分析揭示了器官水平发育缺陷的基础
- Gut | 汤富酬研究组与付卫研究组合作揭示家族性腺瘤性息肉病的发病机制
- 利用单细胞公共数据对新冠受体ACE2的研究进展
- 最新进展!单细胞数据显示ACE2在鼻腔、肾脏、睾丸均有分布!
- 吃多一时爽,吃少活更长!
- 大联合 - 单细胞测序在新冠肺炎研究中的应用进展 (视频+PPT)
- 致癌物(HPV-)和病毒介导的(HPV +)HNSCC免疫图谱
- 第一篇新冠单细胞文献!|解读
- 单细胞RNA-seq预处理工具比较分析(bioRxiv)
- Molecular Metabolism|徐成冉研究组揭示生理和病理状态下胰岛β细胞异质性
- Cell | 小鼠内皮细胞单细胞转录组图谱(详解)
- Nature Metabolism I 衰老的单细胞组学研究进展及展望
- Science | 单细胞分析人类胸腺发育的细胞图谱
- 新冠患者样本单细胞测序文献汇总
- Developmental Cell | 人类视网膜发育过程中的重要分子机制
- Nature子刊:中科院动物所合作揭示灵长类血管衰老的驱动力
- 人类细胞图谱计划发起人Aviv Regev博士讲单细胞基因组学
- NC文章详解 | 鼠成纤维细胞单细胞分析发现成纤维细胞在心肌细胞成熟中起关键作用
9.7.3 系列教程
- 10X单细胞测序分析软件:Cell ranger,从拆库到定量
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)- 引言
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)- 实验平台
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)- 原始数据质控
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)- 文库拆分和细胞鉴定
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(五)- STAR, Kallisto定量
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(六)- 构建表达矩阵,UMI介绍
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(七)- 导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(八)- Scater包输入导入和存储
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(九)- Scater包单细胞过滤
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(十)- Scater基因评估和过滤
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(十一)- Scater单细胞表达谱PCA可视化
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(十二)- Scater单细胞表达谱tSNE可视化
- 如何火眼金睛鉴定那些单细胞转录组中的混杂因素
- 什么?你做的差异基因方法不合适?
- 单细胞分群后,怎么找到Marker基因定义每一类群?
9.7.4 特色分析
- 哇!单细胞测序-配体受体互作分析原来可以这么简单又高大上!
- 七龙珠|召唤一份单细胞数据库汇总
- 单细胞预测Doublets软件包汇总-过渡态细胞是真的吗?
- Seurat亮点之细胞周期评分和回归
- cellassign:用于肿瘤微环境分析的单细胞注释工具(9月Nature)
- NC |SCALE准确鉴定单细胞ATAC-seq数据中染色质开放特征
- 让你的单细胞数据动起来!|iCellR(一)
- 让你的单细胞数据动起来!|iCellR(二)
- Celaref | 单细胞测序细胞类型注释工具
- SCENIC | 从单细胞数据推断基因调控网络和细胞类型
- 在线平台如何做单细胞测序分析全套?有它so easy!
- SpatialDB |单细胞空间转录组数据分析可视化平台
- 单细胞分析Seurat使用相关的10个问题答疑精选!
- 三人成虎,概率却不足十分之五?
- 一文掌握GSEA,超详细教程
- 这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次
- 什么,你算出的P-value看上去像齐天大圣变的庙?
- GO、GSEA富集分析一网打进
- GSEA富集分析 - 界面操作
- 无需写代码的高颜值富集分析神器
- 去东方,最好用的在线GO富集分析工具
- 用了这么多年的PCA可视化竟然是错的!!!
- RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq,你想知道的都在这(续)
- “harmony”整合不同平台的单细胞数据之旅
- 复现原文(一):Single-cell RNA sequencing of human kidney(step by step)
- 复现原文(二):Single-cell RNA sequencing of human kidney(step by step)
- 单细胞转录组亚群分析
- 单细胞转录组高级分析介绍
- 代码分析 | 单细胞转录组质控详解
- 代码分析 | 单细胞转录组Normalization详解
- 代码分析 | 单细胞转录组数据整合详解
- 代码分析 | 单细胞转录组clustering详解
- NBT:单细胞转录组新降维可视化方法PHATE
- 复现nature communication PCA原图|代码分析(一)
- 这篇Nature子刊文章的蛋白组学数据PCA分析竟花费了我两天时间来重现|附全过程代码
- 一个R包玩转单细胞免疫组库分析,还能与Seurat无缝对接
- 这个R包自动注释单细胞数据的平均准确率为83%,使用后我的结果出现了点问题|附全代码
- 翻车实录之Nature Medicine新冠单细胞文献|附全代码
- 听哈佛大神讲怎么做单细胞转录组GSEA分析
- 一个R包完成单细胞基因集富集分析 (全代码)
- 复现Cell附图 |类器官的单细胞分析
- Seurat的单细胞免疫组库分析来了!
- 哈佛大学单细胞课程:笔记汇总前篇
9.8 GEO/TCGA数据
- UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)
- ICGC数据库使用
- TCGA数据库在线使用
- BROAD开发的TCGA分析平台,强大的下载功能
- cBioPortal功能强大的TCGA再分析平台
- 这是数据更新最实时的TCGA网站,功能强大
- 不懂R,如何进行GEO数据库表达谱的差异分析、富集分析、蛋白互作、可视化?
- 典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集
- 典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - 数据获取到标准化
- 为什么GEO2R/GEOquery的结果可能是错的?
- 这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次
- GEPIA|神一样的TCGA可视化网站
- 用了这么多年的PCA可视化竟然是错的!!!
- maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总,分析和可视化
- 分享一个完美的工具:多数据库集合,研究基因组学癌症必备
- TISIDB:这个科研工具能助你顺利发高分肿瘤免疫文章
- 超详细的GEO数据上传攻略,一看就会
9.9 扩增子三步曲
9.10 宏基因组教程
9.11 宏基因组分析专题
9.12 ChIP-seq专题
9.13 Linux 全介绍
- 免费Linux系统和生信宝典原创学习教程
- PATH和path,傻傻分不清
- Linux - 总目录
- Linux - 文件和目录
- Linux - 文件操作
- Linux - 文件内容操作
- Linux - 环境变量和可执行属性
- Linux - 管道、标准输入输出
- Linux - 命令运行监测和软件安装
- Linux - 常见错误和快捷操作
- Linux - 文件列太多,很难识别想要的信息在哪列;别焦急,看这里。
- Linux - 文件排序和FASTA文件操作
- Linux - 应用Docker安装软件
- Linux - Conda软件安装方法
- Linux - 服务器数据定期同步和备份方式
- Linux - VIM的强大文本处理方法
- Linux - 查看服务器配置信息
- Linux - SED操作,awk的姊妹篇
- Linux - 常用和不太常用的实用awk命令
- Linux - 那些查找命令
- Linux - 原来你是这样的软连接
- Bash概论 - Linux系列教程补充篇
- Nature Method:Bioconda解决生物软件安装的烦恼
- Linux下文件内容更新了文件夹时间戳却没变?
- 如何获取目标基因的转录因子(上)——Biomart下载基因和motif位置信息
- 如何获取目标基因的转录因子(下)——Linux命令获取目标基因TF
- 生信人写程序1. Perl语言模板及配置
- 生信人写程序2. Editplus添加Perl, Shell, R, markdown模板和语法高亮
- 手把手教你生信分析平台搭建
- Windows轻松实现linux shell环境:gitforwindows
- 开启win10内置Linux子程序
- Docker的基本使用-Ubuntu18.04
- Linux命令screen—终端切换,工作环境保存,画面同步,防断网
- Bioconda软件安装神器:多版本并存、环境复制、环境导出
- 收藏(附中奖信息) | 15 个你非了解不可的 Linux 特殊字符,妈妈再也不用担心我看不懂这些符号了!
- 有了这些,文件批量重命名还需要求助其它工具吗?
- 软件安装不上,可能是网速慢!Conda/R/pip/brew等国内镜像大全拿走不谢~~
- 耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办?
9.14 CIRCOS系列
9.15 R统计和作图
- 文章用图的修改和排版 (1)
- 文章用图的修改和排版 (2)
- 简单强大的在线绘图
- 简单强大的在线绘图-升级版
- 简单强大的在线绘图-第3版
- 论文图表基本规范
- 学术图表的基本配色方法
- 数据可视化基本套路总结
- Graphpad,经典绘图工具初学初探
- 你的包佩奇了吗?试试新版Rstudio,自动提醒缺失包!
- 原来Rstudio还可以这么使用,又方便了一些
- 在R中赞扬下努力工作的你,奖励一份CheatShet
- 别人的电子书,你的电子书,都在bookdown
- R语言 - 入门环境Rstudio
- R语言 - 热图绘制 (heatmap)
- R语言 - 基础概念和矩阵操作
- R语言 - 热图简化
- R语言 - 热图美化
- R语言 - 线图绘制
- R语言 - 线图一步法
- R语言 - 箱线图(小提琴图、抖动图、区域散点图)
- R语言 - 箱线图一步法
- R语言 - 火山图
- Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图
- R语言 - 富集分析泡泡图
- R语言 - 散点图绘制
- R语言 - 韦恩图
- R语言 - 柱状图
- R语言 - 图形设置中英字体
- R语言 - 非参数法生存分析
- R语言 - 绘制seq logo图
- WGCNA分析,简单全面的最新教程
- psych +igraph:共表达网络构建
- 一文学会网络分析——Co-occurrence网络图在R中的实现
- 一文看懂PCA主成分分析
- 主成分分析PCA
- 富集分析DotPlot,可以服
- 基因共表达聚类分析和可视化
- R中1010个热图绘制方法
- 还在用PCA降维?快学学大牛最爱的t-SNE算法吧, 附Python/R代码
- 一个函数抓取代谢组学权威数据库HMDB的所有表格数据
- 文章用图的修改和排版
- network3D: 交互式桑基图
- network3D 交互式网络生成
- Seq logo 在线绘制工具——Weblogo
- 生物AI插图素材获取和拼装指导
- 如何使用AI进行SCI组图
- 如何使用AI画一个简单的细胞通路图?
- 一分钟绘制磷脂双分子层:AI零基础入门和基本图形绘制
- AI科研绘图(二):模式图的基本画法
- ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)
- 图像处理R包magick学习笔记
- SOM基因表达聚类分析初探
- 利用gganimate可视化全球范围R-Ladies(R社区性别多样性组织)发展情况
- 你知道R中的赋值符号箭头(<-)和等号(=)的区别吗?
- R语言可视化学习笔记之ggridges包
- 利用ComplexHeatmap绘制热图(一)
- ggplot2学习笔记之图形排列
- R包reshape2,轻松实现长、宽数据表格转换
- 用R在地图上绘制网络图的三种方法
- PCA主成分分析实战和可视化 附R代码和测试数据
- iTOL快速绘制颜值最高的进化树!
- 12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化
- 编程模板-R语言脚本写作:最简单的统计与绘图,包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出
- R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences
- 数据可视化基本套路总结
- 你知道R中的赋值符号箭头
<-
和等号=
的区别吗? - 使用dplyr进行数据操作30例
- 交集intersect、并集union、找不同setdiff
- R包reshape2,轻松实现长、宽数据表格转换
- 1数据类型(向量、数组、矩阵、 列表和数据框)
- 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
- 3数据筛选——提取对象的子集
- 4向量、矩阵的数学运算
- 5控制结构
- 6函数及作用域
- 7认识循环函数lapply和sapply
- 8分解数据框split和查看对象str
- 9模拟—随机数、抽样、线性模型
- 1初识ggplot2绘制几何对象
- 2图层的使用—基础、加标签、注释
- 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
- 4语法基础
- 5通过图层构建图像
- 6标度、轴和图例
- 7定位-分面和坐标系
- 8主题设置、存储导出
- 9绘图需要的数据整理技术
- 创建属于自己的调色板
- 28个实用绘图包,总有几个适合你
- 热图绘制
- R做线性回归
- 绘图相关系数矩阵corrplot
- 相关矩阵可视化ggcorrplot
- 绘制交互式图形recharts
- 交互式可视化CanvasXpress
- 聚类分析factoextra
- LDA分析、作图及添加置信-ggord
- 解决散点图样品标签重叠ggrepel
- 添加P值或显著性标记ggpubr
- Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
- 堆叠柱状图各成分连线画法:突出组间变化
- 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial
- 桑基图riverplot
- 微生物环境因子分析ggvegan
- 五彩进化树与热图更配ggtree
- 多元回归树分析mvpart
- 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression
- 加权基因共表达网络分析WGCNA
- circlize包绘制circos-plot
- R语言搭建炫酷的线上博客系统
- 维恩(Venn)图绘制工具大全 (在线+R包)
- R包circlize:柱状图用腻了?试试好看的弦状图
- 获取pheatmap聚类后和标准化后的结果
- 增强火山图,要不要试一下?
- 一个震撼的交互型3D可视化R包 - 可直接转ggplot2图为3D
- 赠你一只金色的眼 - 富集分析和表达数据可视化
- 是Excel的图,不!是R的图
- 道友,来Rstudio里面看动画了
- 用了这么多年的PCA可视化竟然是错的!!!
- 主成分分析PCA
- 万能转换:R图和统计表转成发表级的Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等
- 那天空飘过的梅花月饼,是今年中秋最好的礼物
- 2019年诺贝尔生理医学奖揭晓 |动图展示历年生理学奖
- 2019年诺贝尔化学奖揭晓 |八一八,那些年的诺贝尔化学奖
- cellassign:用于肿瘤微环境分析的单细胞注释工具(9月Nature)
- maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总,分析和可视化
- ggThemeAssist|鼠标调整主题,并返回代码
- ggcor |相关系数矩阵可视化
- 这也太简单了吧!一个函数完成数据相关性热图计算和展示
- ggcor在微生物生态领域的使用实战
- 昨天的science组合图换方案了
- 画图手册 | ImageGP:今天你“plot”了吗?
- R语言一键批量完成差异统计和可视化
- gggenes绘制多物种基因结构比较
- 数据可视化完美指南-R-python
- Pathview包:整合表达谱数据可视化KEGG通路
- Matplotlib绘制的27个常用图(附对应代码实现)
- 让你的单细胞数据动起来!|iCellR(一)
- 让你的单细胞数据动起来!|iCellR(二)
- Celaref | 单细胞测序细胞类型注释工具
- SCENIC | 从单细胞数据推断基因调控网络和细胞类型
- [R变量索引 - 什么时候使用 @或$](https://mp.weixin.qq.com/s/lW8Bd-Bhoi0rEg2fbtE1_A)
- 手把手重现Science的主图Maptree
- 可视化之为什么要使用箱线图?
- Alpha多样性箱线图(样章,11图2视频)
- 学会这个BBC,你的图也可以上新闻啦!
- ggplot2 图区域放大
- iheatmapr包:可交互的热图绘制方法
- 图形解读系列 | 给你5个示例,你能看懂常用热图使用吗?
- 一个R包玩转单细胞免疫组库分析,还能与Seurat无缝对接
- 这个R包自动注释单细胞数据的平均准确率为83%,使用后我的结果出现了点问题|附全代码
- 一个R包完成单细胞基因集富集分析 (全代码)
9.16 NGS基础和软件应用
- OrthoMCL鉴定物种同源基因 (安装+使用)
- Rfam 12.0+本地使用 (最新版教程)
- 轻松绘制各种Venn图
- ETE构建、绘制进化树
- psRobot:植物小RNA分析系统
- 生信软件系列 - NCBI使用
- 掌握这个网站,万方、维普、CNKI等众多数据库文献统统可以免费下载!
- 拿到基因两眼一抹黑?没关系,先做个基因富集分析吧!
- 科研小萌新,掌握这些技巧,轻松玩转各个基因!
- 引起相变的无序结构域(IDRs)怎么预测?跟踪热点,提升文章档次!
- 如果你经常用PubMed,那么这个插件将非常好用!
- 基于人工智能的文献检索,导师查找,更聪明
- GeenMedical:文献查询、筛选、引用排序、相似文献、全文下载、杂志分区、影响因子、结果导出、杂志评述、直接投稿,一站服务
- 如何快准狠地找到相关领域的经典文献?
- Excel改变了你的基因名,30% 相关Nature文章受影响,NCBI也受波及
- 这些基因的名字太有才了,研究一下都可以发10分文章
- 文献检索新姿势,教你如何直搜文中的科研图片!
- Endnote X8云同步:家里单位实时同步文献笔记,有网随时读文献
- 还在慌?Endnote的个性化文献引用助毕业论文一臂之力
- 参考文献中杂志名字格式混乱问题一次解决 - 修改style是没用的
- 参考文献中杂志名字格式混乱问题一次解决
- 实用网站和在线工具推荐
- 在线浏览器,在线PS,在线AI,在线编程 …
- Bioconda软件安装神器:多版本并存、环境复制、环境导出
- Gephi轻松绘制超美网络图
- 微生物组间差异分析神器-STAMP简明教程 中文帮助文档
- 微生物网络构建:MENA, LSA, SparCC和CoNet
- FUNGuild:真菌功能注释
- 在线RaxML构建系统发育树
- MetaboAnalyst 4.0,代谢组学研究利器的升级
- RepeatMasker:基因组重复序列注释
- 基因组注释 1重复序列 2非编码和编码基因 3功能注释Prokka
- cellassign:用于肿瘤微环境分析的单细胞注释工具(9月Nature)
- NBT|45种单细胞轨迹推断方法比较,110个实际数据集和229个合成数据集
- NC |SCALE准确鉴定单细胞ATAC-seq数据中染色质开放特征
- 截屏工具千千万,用了这个不舍得换
- 内存小还免费,Adobe Acrobat表示有危机
- Nicetools:定一个小目标,先做它个1000个工具
- 20W+喜爱的Pathview网页版 | 整合表达谱数据KEGG通路可视化
- 中科院遗传所课题组开发高质量基因组组装软件
- 中科院研究组新建一种高敏高精度的RNA poly(A)尾巴检测技术
- CIRIquant:circRNA定量和剪接体转换识别
- 超详细的GEO数据上传攻略,一看就会
- 遇到这个工具前我都是建议文章写好就先投Cell?
- iBiology |除了B站,这还有个专业的生科科普网站
- 嗐,别的95后一天两登Nature,你却还不知道有一款工具可以帮你校对英文文稿和回复审稿意见
9.17 生信宝典之傻瓜式
- 生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列
- 生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络
- 生信宝典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪里发光 - 如何查找基因在发表研究中的表达
- 生信宝典之傻瓜式 (四) 蛋白蛋白互作网络在线搜索
- 生信宝典之傻瓜式 (五) 文献挖掘查找指定基因调控网络
- 生信宝典之傻瓜式 (六) 查找转录因子的靶基因
- 挖掘PubMed数据库,获取报道的或推测新的基因调控关系
- Cytoscape教程1
- Cytoscape之操作界面介绍
- 新出炉的Cytoscape视频教程
- Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图
- Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析
- 知乎阅读三百万的生信学习指南
- 当我们谈论生信的时候我们在谈什么
- 如何使用AI画一个简单的细胞通路图?
9.18 Python
- Python极简教程(一)
- Python极简教程(二)
- Python极简教程(三)
- Python极简教程(四)
- Python极简教程(五)
- Python极简教程(六)
- Pandas,让Python像R一样处理数据,但快
- Python解析psiBlast输出的JSON文件结果
- 为啥我的Python这么慢 - 字符串连接 (一)
- 为啥我的Python这么慢 - 项查找 (二)
- Python学习 - 可视化变量赋值、循环、程序运行过程
- Python资源
- 关于Python中的__main__和编程模板
- 莫烦Python机器学习
- 编程新手入门踩过的25个“坑”,你犯过其中哪些错误?
- Python文学化编程 - Jupyter notebook使用和插件拓展
- Python3中正则表达式使用方法
- Python3中BeautifulSoup的使用方法
- 我用Python开发了个SCI-HUB本地版
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- Bioconda软件安装神器:多版本并存、环境复制、环境导出
- 还在用PCA降维?快学学大牛最爱的t-SNE算法吧, 附Python/R代码
- Python没有捷径,但可以加速,零基础九天你也可以会编程
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- 一个月学会Python的Quora指南和资料放送
- 推荐一个牛逼的生物信息 Python 库 - Dash Bio
- Matplotlib绘制的27个常用图(附对应代码实现)
- Python语法糖之:列表解析、集合解析和字典解析
- 入门课的入门课,微软推出Python零基础教程,基于原生VS Code
9.19 Cytoscape网络图
9.21 文献精读
- Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这
- 知乎阅读三百万的生信学习指南
- 2018年生信宝典阅读最高文章Top10
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9.24 科研经验
- 如何优雅的提问
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9.25 软件和数据库
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- Linux命令screen—终端切换,工作环境保存,画面同步,防断网
- Nature Method:Bioconda解决生物软件安装的烦恼
- 数据的质量控制软件——fastQC
- 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp
- SpatialDB |单细胞空间转录组数据分析可视化平台
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- NAR | 李磊课题组与杨效曾课题组构建植物miRNA数据库
- 20W+喜爱的Pathview网页版 | 整合表达谱数据KEGG通路可视化
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- 植物激素分析平台| 褚金芳团队在植物激素分析技术研究中取得新进展
9.26 扩增子分析
- 扩增子图表解读-理解文章思路
- 扩增子分析流程-把握分析细节
- 扩增子统计绘图-冲击高分文章
- QIIME2中文教程-把握分析趋势
- 16S功能预测 0概述 1KO通路PICRUSt 2元素循环FAPROTAX 3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun
- 水稻微生物组时间序列分析 1模式图与PCoA 2a相关分析 2b散点图拟合 3冲击图 4随机森林回归
- 9个模块+40余款软件+老司机辣评 16S信息分析流程软件和数据库合集
- Nature Method :Rob Knight发布Striped UniFrac算法轻松分析微生物组大数据
- 01-背景介绍
- 02-真菌引物选择
- MicrobiomeAnalyst:可视化微生物组网页工具
- NAR:gcMeta——全球微生物组数据存储和标准化分析平台
- NAR:rrnDB-16S拷贝数校正数据库
- METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求
- SILVAngs:16S/18S在线分析1 2
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- 微生物扩增子数据库大全
- SourceTracker—微生物来源分析
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- IF:10.465 | 苏铁类植物微生物相的扩增子16S分析
- ggcor在微生物生态领域的使用实战
- Cell Research | 华农解析水虻基因组图谱和肠道微生物组降解规律
- Fungal Diversity | 70位作者共同修订真菌界担子菌门分类系统
- Nature:肠道微生物通过代谢调节人体肠道免疫
9.27 宏基因组分析
- 宏基因组分析教程
- 1简介-定义、方法和数据库
- 2扩增子-微生物群落多样性
- 3PICRUSt功能预测
- 4宏基因组物种组成和分箱
- 5宏基因组功能数据库与通路
- 6宏转录组流程和功能
- 7挖掘微生物组生物标记
- 4500元的微生物组培训资料
- 微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程
- GigaScience:ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架
- 斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析
- 一文读懂宏基因组binning
- 30余款宏基因组分析软件经验总结上 中 下
- 微生物组学数据分析工具综述 16S+宏基因组+宏病毒组+宏转录组
- Nature Protocols:整合宏基因组、代谢组和表型分析的的计算框架
- MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
- Nature Method:HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析
- HUMAnN2:人类微生物组统一代谢网络分析2
- 宏基因组有参流程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)
- 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
- 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
- 3组装拼接MEGAHIT和评估quast
- 4基因注释Prokka
- 5基于Kmer比较数据集sourmash
- 6不比对快速估计基因丰度Salmon
- 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
- 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
- 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
- 10绘制圈图-Circos安装与使用
- KEGG在线数据库使用攻略
- NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因
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- antiSMASH:微生物次生代谢物基因簇预测
- Microbiome:宏基因组分箱流程MetaWRAP 简介 安装和数据库部署 实战和结果解读
- Krona绘制物种或功能组成圈图
- microbiomeViz:绘制lefse结果中Cladogram
- MMinte:预测微生物群体内代谢物互作
- 手把手重现Science的主图Maptree
9.28 实验设计与技术
- 微生物组取样和DNA提取建议
- 样品生物学重复数据选择 1必要性 2需要多少重复?
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