8 生信教程文章集锦
8.1 生信宝典
生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需要修改,结果可以出来,却把我不住对还是错。
学习生信从来就不是一个简单的事,需要做好持久战的心理准备。
在学习时,我们都希望由浅入深的逐步深入,不断地练习和实践,这就是为什么我们需要一本书,因为书很系统。但生信发展的历史短于计算机编程的历史,如果想要一门程序设计的入门数据,每种语言都可以找到几本。但想要一个囊括生信的书,就有些难了。本身生信跨领域,需要多学科的知识,而其内部又有不少分子,都囊括了太大,包括的少又有些隔靴搔痒的感觉。
我们当时都是零基础下自学Linux, 自学Python,自学R,自学高通量测序;这些学习经历,之前都零星地记录在博客里。现在回头去看几年前自己记录的东西,觉得好简单,而当时却费了很大的力气。这些零星的随手记,当时也只是为了自己看,到现在确实只有自己能看得懂,不便惠及更多的人。
因此我们创建了生信宝典,希望从不同的角度传播知识。这个不同有三点含义,一是形式上的不同,摒弃之前主编们单人作战想写啥就写啥,而是有组织有计划的内容聚合,提供一系列的教程,由入门到提高。二是内容的不同,不去用网上现有教程的通用数据做例子,而是拿实际生物数据,讲述如何解释生信中普遍碰到的问题,讲述如何处理自己的数据。三是立足点不同。在写作时,我们回到了当年,在回忆中用整个阶段的学习去指导当初的那个小白,从那些会了的人觉得微不足道而不会的人又迈不过的坎入手,直击痛点。知识点的收录依据不是是否炫酷,是否难,而是是否必要。如果必要,再简单,也要提及;如果不必要,再炫酷,也暂不纳入。
通过大量的生信例子、关键的注释和浓缩的语句形成下面的一系列学习教程。每一篇内容都不多,可以当做小说阅读,也可以跟着去练,反复几遍,每读一次都会有不同的收获和体会。
8.1.1 系列教程
8.1.2 NGS分析工具评估
8.1.4 系列宣传
- 转录组分析的正确姿势
- 120分的转录组考题,你能得多少
- 生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版和Python编程培训研讨班开课了
- 维密摔倒不可怕,关键时有人搀一把,坚持走下去
- 生物信息作图系列 - R、网络图及文章图形排版
- 易生信转录组培训总结和优惠分享
- 生物信息9天速成班 — 你也可以成为团队不可或缺的人
- Python没有捷径,但可以加速,零基础九天你也可以会编程
- 小学生都学Python了,你还不知道怎么开始-资源帖
- 一个月学会Python的Quora指南和资料放送
- 扩增子分析基本流程和结果解读
- 微生物组——扩增子分析专题实战开课啦
- 如何入门生信Linux
- 3分和30分文章差距在哪里?
8.1.5 生信生物知识
8.1.6 文献精读
8.1.7 Linux
- Linux-总目录
- Linux-文件和目录
- Linux-文件操作
- Linux文件内容操作
- Linux-环境变量和可执行属性
- Linux - 管道、标准输入输出
- Linux - 命令运行监测和软件安装
- Linux-常见错误和快捷操作
- Linux-文件列太多,很难识别想要的信息在哪列;别焦急,看这里。
- Linux-文件排序和FASTA文件操作
- Linux-应用Docker安装软件
- Linux服务器数据定期同步和备份方式
- VIM的强大文本处理方法
- Linux - Conda软件安装方法
- 查看服务器配置信息
- Linux - SED操作,awk的姊妹篇
- Linux - 常用和不太常用的实用awk命令
- Bash概论 - Linux系列教程补充篇
8.1.8 CIRCOS系列
8.1.9 R统计和作图
- 在R中赞扬下努力工作的你,奖励一份CheatShet
- 别人的电子书,你的电子书,都在bookdown
- R语言 - 入门环境Rstudio
- R语言 - 热图绘制 (heatmap)
- R语言 - 基础概念和矩阵操作
- R语言 - 热图简化
- R语言 - 热图美化
- R语言 - 线图绘制
- R语言 - 线图一步法
- R语言 - 箱线图(小提琴图、抖动图、区域散点图)
- R语言 - 箱线图一步法
- R语言 - 火山图
- R语言 - 富集分析泡泡图 (文末有彩蛋)
- R语言 - 散点图绘制
- 一文看懂PCA主成分分析
- 富集分析DotPlot,可以服
- R语言 - 韦恩图
- R语言 - 柱状图
- R语言 - 图形设置中英字体
- R语言 - 非参数法生存分析
- 基因共表达聚类分析和可视化
- R中1010个热图绘制方法
- 还在用PCA降维?快学学大牛最爱的t-SNE算法吧, 附Python/R代码
- 一个函数抓取代谢组学权威数据库HMDB的所有表格数据
- 文章用图的修改和排版
- network3D: 交互式桑基图
- network3D 交互式网络生成
8.1.10 扩增子三步曲
8.1.11 宏基因组分析专题
8.1.12 NGS基础
8.1.13 癌症数据库
8.1.14 Python
8.1.15 NGS软件
8.1.16 Cytoscape网络图
8.1.17 分子对接
8.1.18 生信宝典之傻瓜式
8.1.20 小技巧系列
8.1.21 招聘
8.2 宏基因组
http://mp.weixin.qq.com/s/5jQspEvH5_4Xmart22gjMA
宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
本公众号每日推送,工作日分享宏基因组领域科研思路、实验和分析技术,理论过硬实战强;周末科普和生活专栏,轻松读文看片涨姿势。目前经过近半年发展,分享过百篇原创文章,已有14000+小伙伴在这里一起交流学习,感兴趣的赶快关注吧。
8.2.1 精选文章推荐
5000+
- 微生物组入门必读+宏基因组实操课程
- 你想要的生信知识全在这—生信宝典
- 生物信息9天速成班—成为团队不可或缺的人
- 3分和30分文章差距在哪里?
- 肠道菌群在人体中的作用
- 看完此片我想把身上的细菌寄生虫供起来
- 岛国科普—生命大跃进
- 我们的未来在哪里?
- 论文图表基本规范
- DNA提取发Nature
- 实验vs数据分析,谁对结果影响大?
3000+
- 扩增子图表解读-理解文章思路
- 扩增子分析流程-把握分析细节
- 扩增子统计绘图-冲击高分文章
- 宏基因组分析教程
- 4500元的微生物组培训资料
- Co-occurrence网络图在R中的实现
- 学术图表的基本配色方法
- 一文读懂进化树
- 自学生信-biostar handbook
- 漱口水增加糖尿病,高血压风险
1000+
8.2.2 培训、会议、征稿、招聘
8.2.3 科研经验
- 如何优雅的提问
- 公众号搜索方法大全
- 科研团队成长三部曲:1云笔记 2云协作 3公众号
- 文献阅读 1热心肠 2SemanticScholar 3geenmedical
- 生信编程模板 Perl Shell R
- 生物信息之程序学习
- Endnote X8云同步:有网随时读文献
- 论文Figures,你不能不知道的秘密
- 转录组分析的正确姿势
- 整个世界都是你的已知条件
8.2.4 软件和数据库使用
- SILVAngs:16S/18S在线分析1 2
- METAGENassist帮你搞定宏基因分析的所有图形需求
- Windows不用虚拟机或双系统,轻松实现linux shell环境:gitforwindows
- 一条命令轻松绘制CNS顶级配图-ggpubr
- ggbiplot-最好看的PCA图
- LDA分析、作图及添加置信-ggord
- ggrepel-解决散点图样品标签重叠,方便筛选样品
- Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
- 微生物组间差异分析神器-STAMP
- 扩增子分析神器USEARCH
- 微生物扩增子数据库大全
- antiSMASH:微生物次生代谢物基因簇预测
- 微生物网络构建:MENA, LSA, SparCC和CoNet
- Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析
- FUNGuild:真菌功能注释
- 在线RaxML构建系统发育树
- Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达
- psRobot:植物小RNA分析系统
- RepeatMasker:基因组重复序列注释
8.2.6 宏基因组分析专题
8.2.7 R统计绘图
8.2.8 实验设计与技术
8.2.9 基础知识
- Microbiota, metagenome, microbiome区别
- 16S测序,不知道OTU你就out了!
- 计量宏基因组学数据分析的方法及进展
- 排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA
- LEfSe分析,你真的懂了么
- 宏基因组基础知识梳理
- 扩增子SCI套路1微群落结构差异 2组间差异分析 3系统总结
- 环境因子关联分析——我应该选择CCA还是RDA分析?
- “P值”背后那些不可不知的事儿
- Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理
- 轻松看懂机器学习十大常用算法
- 一文读懂“随机森林”在微生态中的应用
- 你想知道的“ROC曲线”
- 人体对微生物的管控
- 简单读懂微生物基因组的泛基因组学
8.2.10 必读综述
- Nature:宏基因组关联分析
- Nature:肠道菌群如何划分肠型
- Nature: 来自细菌的通告——群感效应简介
- Nature:呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人
- Nature: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
- Cell:代谢控制中的脑肠轴
- 研究微生物,只靠多组学根本不够
- 中国微生物组计划—农作物微生物组
- Annu Rev:植物微生物组—系统见解与展望
- Annual Reviews|微生物组与人
- 微生物组学与植物病害微生物防治
- 组学重建真菌现有分类系统
- 微生物应用|农业废弃物资源化利用
- 宏基因组学入门1初识 2进一步 3拼接
- 肠道微生物与人类密切相关的方方面面
- Nature: 测序技术的前世今生
- Nature Reviews:全新的益生元定义和范围
- 原核转录组非编码RNA研究
8.2.11 高分文章套路解读
- Nature: 培养组学—高通量细菌分离培养鉴定
- SR: 真菌培养组学同揭示人类肠道真菌群落结构
- Nature: 地球微生物组计划首发成果—揭示地球多尺度微生物多样性
- Nature:如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章
- Nat Biotech: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning
- Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
- Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成
- Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
- Nature Method: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
- Nature Genetics:微生物基因组如何适应植物?(news & views)
- NC:降低微生物群落复杂度突破组装难题
- NC:自体免疫水泡皮肤病中鉴定基因与微生物组互作
- GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
- Microbiome:微生物组研究中你必须注意的细节
- Microbiome:HiSeq平台16S扩增子文库构建方法
- Microbiome: 简单套路发高分文章–杨树微生物组
- Microbiome:肠道菌群失衡促进高血压
- Microbiome:重新定义“卫生”概念
- ME:网络分析揭示微生物群落应对环境扰动的稳定性机制
- SR: 土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化
8.2.12 科普视频-寓教于乐
8.2.13 友军文章汇总推荐
- 学习生信的系列教程——纯生信一作发IF>20的大神