5 扩增子课程学习指南

视频链接：https://study.163.com/course/courseMain.htm?share=2&shareId=400000000321031&courseId=1212051805

下面进度是预期的最慢进度（具体可视学习进度调整），咱们自己学习时如果时间充裕越快越好，在这个学习周期内重复练习次数越多越好。

  1. 每次直播会邀请一位学员，演示操作和讲述自己对本部分的理解，讲师进行补充和针对常见问题指导。请大家用踊跃报名，或讲师随机指派。

  2. 学习过程中遇到问题，请记录在http://www.ehbio.com/Esx中，直播时会一一讲解。微信群中很容易被刷屏找不到。

日期 周 时间 预计任务 讲师 （可能会临时调整）
2022 年 10 月 13 日 周四 晚上 19:00 - 21:00 自己笔记本软件安装和流程测试 5.1.1 陈同
2022 年 10 月 14 日 周五 晚上 19:00 - 21:00 原始数据准备到 OTU 表 （1-10） 5.1.2 刘永鑫
2022 年 10 月 21 日 周五 晚上 19:00 - 21:00 Alpha、Beta 多样性 5.1.3 陈同
2022 年 10 月 28 日 周五 晚上 19:00 - 21:00 物种组成和差异分析 5.1.4 刘永鑫
2022 年 11 月 4 日 周五 晚上 19:00 - 21:00 OTU 表构建进化树 5.1.6 陈同
2022 年 11 月 4 日 周五 晚上 19:00 - 21:00 Microeco 包数据可视化 5.1.8 陈同
2022 年 11 月 11 日 周五 晚上 19:00 - 21:00 Qiime2分析流程 5.1.5 刘永鑫
2022 年 11 月 11 日 周五 晚上 19:00 - 21:00 功能预测 5.1.7 刘永鑫
2022 年 11 月 18 日 周五 晚上 19:00 - 21:00 机器学习 5.1.9 陈同
随时可看 随时可看 随时可看 图形解读部分 5.1.10 陈同

5.1 扩增子课程学习具体安排

图形展示什么是章节和课时（随着新增视频，章节和课时的编号会变，但每一部分名字不变；大家可在网易云课堂网页页面按快捷键Ctrl+F查找对应课时名字定位课时），便于大家对着网易云课堂查找。

Figure 5.1: 图形展示什么是章节和课时（随着新增视频，章节和课时的编号会变，但每一部分名字不变；大家可在网易云课堂网页页面按快捷键Ctrl+F查找对应课时名字定位课时），便于大家对着网易云课堂查找。

5.1.1 本地笔记本软件安装和流程测试

  1. 参考章节 3。
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节3 20220107-20220109的课时34 - 软件安装测试
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节1 2022年7月15日的扩增子软件安装和流程测试

5.1.2 原始数据准备到 OTU 表1-10

  1. 讲解流程易扩增子 1-5从起始文件到特征表构建和筛选。
  2. 讲解流程易扩增子 6-10从alpha 多样性到空间清理及数据提交。
  3. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的22-Pipeline-1
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的22-Pipeline-2
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的22-Pipeline-3
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节1 2022年7月15日的7.15直播22RawData2OTUtable

5.1.3 Alpha、Beta 多样性、物种组成

  1. 讲解流程R语言多样性和物种组成分析。
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的23-Diversity
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的23-Diversity-2
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的23-Diversity-3Rmd
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节1 2022年7月15日的7.15直播 - 23Alpha_diversity_plot
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节1 2022年7月15日的7.21直播 - Alpha/Beta多样性，物种堆积柱状图流程绘制和在线绘制

5.1.4 OTU差异分析

  1. 讲解流程24差异比较。
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的24-Compare-1R
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的24-Compare-2LEfSe
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220107-20220109的24-2STAMPLefse
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节1 2022年7月15日的7.21直播-差异物种分析edgeR/STAMP/LEFSE 流程和在线

5.1.5 Qiime2分析流程

  1. 讲解流程25 QIIME2流程。
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节 3 20211015-20211017的25qiime2流程

5.1.6 OTU 表构建进化树

  1. 讲解流程34 Evolution进化树。
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的34-tree
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节5 只有在线视频的部分课程的系统发育树构建与美化

5.1.7 功能预测

  1. 讲解流程31 功能预测。
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的31-Picrust
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的31-2faprotax
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的31-3Bugbase

5.1.8 Microeco 包数据可视化

  1. 讲解流程33 Microeco包数据可视化。
  2. 学习参考视频：
    • 暂无

5.1.9 机器学习

  1. 讲解流程32 Machine learning 机器学习。
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的32-randomforest-1
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的32-randomforest-2

5.1.10 图形解读部分

  1. 常见图形意义解释和绘制。
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的图形解读Alpha多样性理论
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的Alpha多样性在线绘制ImageGP
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的Beta多样性PCOA理论介绍
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的Beta多样性PCOA实战ImageGP.
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的物种堆积柱状图
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的物种丰度热图绘制
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的差异物种火山图绘制
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的STAMP-LEFSE分析
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的Venn网络
    • 网易云课堂 扩增子课程视频 章节2 20220408-20220410的图形编辑和排版案例分享