6 转录组子课程学习指南

视频链接：https://study.163.com/course/courseMain.htm?courseId=1212046806&share=2&shareId=400000000321031

下面进度是预期的最慢进度，咱们自己学习时如果时间充裕越快越好，在这个学习周期内重复练习次数越多越好。

  1. 每次直播会邀请一位学员，演示操作和讲述自己对本部分的理解，讲师进行补充和针对常见问题指导。请大家用踊跃报名，或讲师随机指派。

  2. 学习过程中遇到问题，请记录在http://www.ehbio.com/Esx中，直播时会一一讲解。微信群中很容易被刷屏找不到。

日期 周 时间 预计任务 讲师 （可能会临时调整）
随时可看 随时可看 随时可看 转录组课程内容整体概述 6.1.1 陈同
2022 年 10 月 20 日 周四 晚上 19:00 - 21:00 自己笔记本软件安装和服务器登录测试 6.1.2 陈同
2022 年 10 月 20 日 周四 晚上 19:00 - 21:00 Salmon 转录组实战 6.1.3 陈同
2022 年 10 月 27 日 周四 晚上 19:00 - 21:00 Salmon结果差异基因分析 6.1.4 陈同
2022 年 11 月 3 日 周四 晚上 19:00 - 21:00 差异基因GO/KEGG功能富集 6.1.5 陈同
2022 年 11 月 3 日 周四 晚上 19:00 - 21:00 基因 GSEA 富集分析 6.1.6 陈同
2022 年 11 月 10 日 周四 晚上 19:00 - 21:00 转录组分析环境配置 6.1.7 陈同
2022 年 11 月 10 日 周四 晚上 19:00 - 21:00 STAR 转录组实战 6.1.8 陈同
2022 年 11 月 10 日 周四 晚上 19:00 - 21:00 IGV可视化转录峰图 6.1.10 陈同
2022 年 11 月 17 日 周四 晚上 19:00 - 21:00 差异基因和批次效应 6.1.9 陈同
2022 年 11 月 17 日 周四 晚上 19:00 - 21:00 转录本拼装和差异剪接 6.1.11 陈同
2022 年 11 月 17 日 周四 晚上 19:00 - 21:00 ceRNA 分析 6.1.13 陈同
2022 年 11 月 24 日 周四 晚上 19:00 - 21:00 WGCNA 基因加权共表达网络 6.1.12 陈同
2022 年 11 月 24 日 周四 晚上 19:00 - 21:00 机器学习实战 6.1.14 陈同
随时可看 随时可看 随时可看 图形解读部分 6.1.15 陈同
随时可看 随时可看 随时可看 测序原理部分 6.1.16 陈同

6.1 转录组课程学习具体安排

图形展示什么是章节和课时（随着新增视频，章节和课时的编号会变，但每一部分名字不变；大家可在网易云课堂网页页面按快捷键Ctrl+F查找对应课时名字定位课时），便于大家对着网易云课堂查找。

Figure 6.1: 图形展示什么是章节和课时（随着新增视频，章节和课时的编号会变，但每一部分名字不变；大家可在网易云课堂网页页面按快捷键Ctrl+F查找对应课时名字定位课时），便于大家对着网易云课堂查找。

6.1.1 转录组课程内容整体概述

  1. 转录组课程内容整体概述理论。
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节2 20220114-20220116的01 课前介绍
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节2 20220114-20220116的02 转录组概述 1-22
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节2 20220114-20220116的02 转录组概述 23-54
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 20220415-20220417的转录组概述习题测验

6.1.2 自己笔记本软件安装和服务器登录测试

  1. 参考章节 3。

6.1.3 Salmon 转录组实战

  1. 服务器操作 Salmoon 实战流程 (RNAseq_pipeline.sh的1 输入文件准备和2 基于 Salmon 的定量流程)
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节2 20220114-20220116的04-有参Salmon定量理论
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节2 20220114-20220116的05-Salmon实战文件准备
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的Salmon实战之测序质量评估和原始文件准备
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的Salmon定量生成差异基因
    • 章节1 220415-20220417和章节2 20220114-20220116各有侧重，可结合着看

6.1.4 Salmon结果差异基因分析

  1. 自己的笔记本操作13_salmon.DESeq2.simpler.Rmd。
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的10-差异基因分析理论
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的11-差异基因分析多重假设检验
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节2 20220114-20220116的08差异基因分析实战
    • 章节1 220415-20220417和章节2 20220114-20220116各有侧重，可结合着看

6.1.5 差异基因GO/KEGG功能富集

  1. 自己的笔记本操作15_GO_enrichment.Rmd和15_GO_visual.Rmd。
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的13-GOKEGG富集分析原理
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的14-GOKEGG富集分析实战R绘图和ImageGP在线绘图
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节2 20220114-20220116的10GO富集分析实战和Cytoscape可视化
    • 章节1 220415-20220417和章节2 20220114-20220116各有侧重，可结合着看

6.1.6 基因 GSEA 富集分析

  1. 自己的笔记本操作GSEA软件。
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的15-GSEA富集分析原理
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的16-GSEA富集分析实战操作
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的Cytoscape整合富集和表达结果
    • 章节1 220415-20220417和章节2 20220114-20220116各有侧重，可结合着看

6.1.7 转录组分析环境配置

  1. 服务器操作transcriptomeSoftInstall.sh进行软件安装。
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的34-软件安装
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节2 20220114-20220116的28Linux配置转录组环境
    • 章节1 220415-20220417和章节2 20220114-20220116各有侧重，可结合着看

6.1.8 STAR 转录组实战

  1. 服务器操作 Salmoon 实战流程 (RNAseq_pipeline.sh的3 基于STAR进行转录组比对和定量的流程)
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的19-基于STAR的转录组比对理论介绍
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的20-基于STAR的转录组比对实战操作
    • 章节1 220415-20220417和章节2 20220114-20220116各有侧重，可结合着看

6.1.9 差异基因和批次效应

  1. 自己的笔记本操作22_STAR.DESeq2.Batch.Rmd。
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的22-数据整合分析中的批次校正
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的23-数据整合分析中的批次校正实战及分析
    • 章节1 220415-20220417和章节2 20220114-20220116各有侧重，可结合着看

6.1.10 IGV可视化转录峰图

  1. 自己的笔记本操作IGV软件。
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的21-IGV可视化reads分布和表达峰图
    • 章节1 220415-20220417和章节2 20220114-20220116各有侧重，可结合着看

6.1.11 转录本拼装和差异剪接

  1. 服务器操作 Salmoon 实战流程 (RNAseq_pipeline.sh的4 鉴定新基因或转录本和可变剪接和5 差异剪接分析)
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的25-转录本拼装和可变剪接分析
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节2 20220114-20220116的18转录本拼装和可变剪接分析
    • 章节1 220415-20220417和章节2 20220114-20220116各有侧重，可结合着看

6.1.12 WGCNA 基因加权共表达网络

  1. 自己的笔记本操作33_WGCNA_simplest.Rmd。
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的22WGCNA分析理论
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的23WGCNA实战和hub基因可视化
    • 章节1 220415-20220417和章节2 20220114-20220116各有侧重，可结合着看

6.1.13 ceRNA 分析

  1. 服务器操作 Salmoon 实战流程 (RNAseq_pipeline.sh的7 新非编码 RNA 鉴定和 ceRNA 分析)
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的26ceRNA理论
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的27ceRNA实战
    • 章节1 220415-20220417和章节2 20220114-20220116各有侧重，可结合着看

6.1.14 机器学习实战

  1. 自己的笔记本操作35.machinelearning.Rmd。
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的24机器学习理论
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的25随机森林机器学习实战
    • 章节1 220415-20220417和章节2 20220114-20220116各有侧重，可结合着看

6.1.15 图形解读部分

  1. 常见图形解读理论。
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节2 20220114-20220116的19图形解读1-25
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节2 20220114-20220116的19图形解读第二部分
    • 章节1 220415-20220417和章节2 20220114-20220116各有侧重，可结合着看

6.1.16 测序原理部分

  1. 测序原理理论。
  2. 学习参考视频：
    • 网易云课堂 转录组课程视频 章节1 220415-20220417的12测序原理
    • 章节1 220415-20220417和章节2 20220114-20220116各有侧重，可结合着看