1
易生信培训计划
2
报名后注意事项
3
软件安装
3.1
软件安装参考视频
3.2
软件安装部分最难的操作
3.2.1
从 QQ 群下载 R 包拷贝安装
3.2.2
配置正确的 Terminal
4
宏基因组课程学习指南
4.1
宏基因组课程学习具体安排
4.1.1
基础预习课程
4.1.2
本地笔记本软件安装和流程测试
4.1.3
服务器登录和流程测试
4.1.4
流程数据准备和质控详解、运行、答疑
4.1.5
基于 Reads 的分析流程 HUMAnN2 (2.1-2.4)
4.1.6
基于 Reads 的分析流程 HUMAnN2 (2.5-2.6)
4.1.7
宏基因组环境配置
4.1.8
基于 Reads 的分析流程 Kraken2和 Bracken2 (2.7)
4.1.9
组装分析流程 Assemble-based (3.1)
4.1.10
组装分析流程 Assemble-based (3.2)
4.1.11
组装分析流程 Assemble-based (3.3)
4.1.12
挖掘单菌基因组/分箱(Binning) (4.1)
4.1.13
挖掘单菌基因组/分箱(Binning) (4.2)
4.1.14
图形解读部分
5
扩增子课程学习指南
5.1
扩增子课程学习具体安排
5.1.1
本地笔记本软件安装和流程测试
5.1.2
原始数据准备到 OTU 表1-10
5.1.3
Alpha、Beta 多样性、物种组成
5.1.4
OTU差异分析
5.1.5
Qiime2分析流程
5.1.6
OTU 表构建进化树
5.1.7
功能预测
5.1.8
Microeco 包数据可视化
5.1.9
机器学习
5.1.10
图形解读部分
6
转录组子课程学习指南
6.1
转录组课程学习具体安排
6.1.1
转录组课程内容整体概述
6.1.2
自己笔记本软件安装和服务器登录测试
6.1.3
Salmon 转录组实战
6.1.4
Salmon结果差异基因分析
6.1.5
差异基因GO/KEGG功能富集
6.1.6
基因 GSEA 富集分析
6.1.7
转录组分析环境配置
6.1.8
STAR 转录组实战
6.1.9
差异基因和批次效应
6.1.10
IGV可视化转录峰图
6.1.11
转录本拼装和差异剪接
6.1.12
WGCNA 基因加权共表达网络
6.1.13
ceRNA 分析
6.1.14
机器学习实战
6.1.15
图形解读部分
6.1.16
测序原理部分
7
宏基因组课程问题记录
7.1
服务器登录和软件安装问题
7.1.1
请问老师,用rstudio登陆服务器和用终端ssh登陆有什么区别?
7.1.2
老师,课程会讲解服务器安装rstudio server的步骤吗?
7.1.3
Rstudio 直接拖拽就能上传自己数据?
7.1.4
打包的流程后面还会陆续更新软件版本吗?
7.1.5
请问没有服务器root权限的话可以用咱们打包好的流程?
7.1.6
去换行符为啥不用dos2unix命令?
7.1.7
如果有自己的服务器的话,怎么去配置呢?
7.1.8
服务器是组里一起用的,之前安装过Amplicon,那如果再装metagenome的话,会不会出现冲突?那安装某一个软件的话,是不是需要先指定一个环境?
7.1.9
128核/256内存的话,跑humann2 如果用40个核或者更多,内存够吗? 做宏基因组的话,老师推荐一般一个线程配多少内存呢? 宏基因组分析的时候 服务器是把测序数据和数据库都读取到内存里进行比对吗?
7.1.10
自己租服务器的话 跑宏基因组 主要做抗性基因 毒力因子 KEGG GO富集分析 内存大概需要配置多少G
7.1.11
学Amplicon,自己笔记本安装的是R4.0.2的,现在再装R4.1,会不会有冲突?
7.1.12
老师,下次课可以讲一下如何从NCBI下载公开数据吗?比如Longitudinal Multi-omics Reveals Subset-Specific Mechanisms Underlying Irritable Bowel Syndrome这篇文章:Microbiome sequencing reads are deposited at the European Nucleotide Archive (ENA) (PRJEB37924).不过这个不是NCBI
7.1.13
老师,下次课可以讲一下如何把数据传到NCBI里,并获得NCBI号吗?
7.1.14
流程里的线程是什么意思,选择几个线程有标准吗?
7.1.15
我看流程里关于软件安装有好多种命令 conda install * pip install * apt install * sudo apt install * 它们之间的区别?
7.1.16
如果我在一个环境中安装了一个程序,那在其他环境中能否调用一定程序?
7.1.17
那程序安装时是否需要考虑当前所处的目录呢?
7.1.18
conda安装需要指定安装位置嘛 不知道安装到哪个文件夹?
7.1.19
安装软件时有时Y/N,有时y/N, 还要y/n,回答yes时 y是不是大小写没关系呢?
7.2
软件使用
7.2.1
当使用KO表做lefse差异,或物种表文件较大时,ehbio在线平台报错”任务超时”。另外尝试lefse conda环境下报错”bash: lefse-format_input.py: 未找到命令”。
7.2.2
用自己的笔记本给服务器提交命令后,笔记本能否关机?关机后会否影响服务器运行?
7.3
分析计算
7.3.1
老师,微生物组学分析的时候,丰度前10,它是怎么算的,是所有样本加起来的和,再排序吗?
7.3.2
陈老师您好,想从strain水平找差异,但binning的物种注释只有species水平,请问有什么好的建议?
7.3.3
能否在miniconda3目录下增加一个strainphlan的流程,之前在自己的home目录下conda安装metaphlan未成功,不知道是不是没有sudo权限
7.3.4
ln创建文件链接,原文件修改或删除后,ln建立的链接是否也跟着进行修改或删除?
7.3.5
Linux系统装R为3.6,在系统root目录装rstudio-server时都是基于R3.6,这样我们的R包是R4.1,这是否可用?我试着安装了一下R4.1.2,也能运行,但是安装的包却不能调用。
chentong_biology@163.com
易生信长期培训计划安排
2
报名后注意事项
注意
: 下面的操作是你确定要报名后进行的操作。如果你还在犹豫中,请不要操作。
付款,并在报名平台上传付款凭证等待审核确认。
领取视频,付款确认后,联系客服领取该课程往期视频。
领取资料,付款确认后,从报名平台的流程图中拿到QQ 群群号和分配的昵称,申请加入 QQ 群。 QQ群中有示例数据、代码、教案、需要安装的软件等。
申领发票,从报名平台的流程图中点击申领发票、填写信息。
进入课程微信群。